Odborná oddělení
- Dialektologické oddělení zkoumá nářečí a běžnou mluvu v Čechách, na Moravě a ve Slezsku.
- Etymologické oddělení rozkrývá původ slov a pracuje na Etymologickém slovníku jazyka staroslověnského.
- Oddělení gramatiky se zabývá výzkumem a popisem gramatické stavby češtiny, metodologií jejího popisu a teorií a praxí korpusové lingvistiky.
- Oddělení jazykové kultury se zabývá teorií a praxí jazykové kultury a zajišťuje provoz jazykové poradny.
- Oddělení onomastiky provádí výzkum vlastních jmen.
- Oddělení současné lexikologie a lexikografie pracuje na novém výkladovém slovníku současné češtiny a soustavně sleduje a zaznamenává nové jevy ve slovní zásobě.
- Oddělení stylistiky a sociolingvistiky zkoumá užívání jazyka ve společnosti a rozvíjí teorii textu, stylu, žánru a diskurzu.
- Oddělení vývoje jazyka se věnuje výzkumu historie češtiny od jejích počátků až po dobu národního obrození.
Ostatní oddělení
- Ekonomicko-technické oddělení zajišťuje hospodářskou a technickou činnost ústavu.
- Kabinet studia jazyků se zabývá didaktikou i praktickou výukou cizích jazyků.
- Oddělení vědeckých informací spravuje ústavní knihovnu a v bibliografii zpracovává českou lingvistickou a zahraniční bohemistickou produkci.
- Ředitelství zabezpečuje organizační a administrativní podmínky pro vedení ÚJČ, Radu ÚJČ a dozorčí radu.
